针对南海议题，台湾陆委会14日表示“涉及领土问题不与任何一方合作”。中评网15发表评论指出，南海仲裁案结果出炉后，有论者认为南海是两岸的“机会之窗”，而陆委会的这个表态，等于否定两岸未来联手的可能，朝两岸南海合作泼了一盆冷水。

　　文章说，南海仲裁结果让蔡当局处境尴尬艰难，一方面美日不把蔡当局当回事，只当棋子使；另一方面蔡当局又要继续仰仗美日撑腰，热脸再贴冷屁股。蔡拒南海合作，说明蔡未能痛定思痛，努力跳出“统独”意识形态窠臼；蔡也未能看清大陆崛起的大势，放眼长远，为台湾找寻新的出路。

　　国民党前“立委”邱毅认为，蔡当局在民怨风头过去后，还是会乖乖顺从美日，做其遏制攻击大陆的棋子或马前卒。我们认为，历经这次太平岛变“太平礁”的冲击，蔡当局如不改“亲美远中”路线，势将遭遇更多的质疑及阻力。

　　大陆智库人士曾直言，蔡当局未来若在南海问题上跟着美国走，不只将进一步恶化两岸关系，更可能被大陆视为具有“台独”倾向。两岸联手保卫南海的窗口稍纵即逝，蔡当局若没有抓住，两岸“冷对抗”还将继续下去。

　　“今天假定不能好好处理南海问题，将来台湾前途渺茫。”台湾退役少将蔡锋说出现实、道出台湾很多人的忧心。“这是有历史见证的”，就怕蔡当局视而不见。