6天之中连换两个“国防部长”，这是台军史无前例的事。这将对马英九产生怎么样的冲击和影响？
台湾时事评论员邱毅表示，杨念祖下台最根本的原因是镇不住台军的反弹与内斗，也表明作为“三军统帅”的马英九领导威信尽失，根本镇不住军队�！奥碛⒕畔衷诳梢运凳潜�6年前的陈水扁还惨，陈水扁那时虽然政治上极其被动，但军中还没乱。但现在的马英九，面临的是军中乱套，领导威信到此地步，其结果可以肯定的是，政令出不了‘总统府’�！薄熬退阊钅钭嫦绿ǖ脑蛑皇恰榧婕柏馇员蝗思炀佟�，对马英九来说也是非常严重的事情�！鼻褚闼�，“三军统帅”任命“国防部长”是非常严肃的事情，如果连论文剽窃这类小事都了解不清楚，说明马英九的“安全系统”完全失灵，马英九也把“国防部长”的任命当“儿戏”。临阵易将，兵家大忌。由此可看出马英九用人已步伐凌乱，预示他在军、政领导上全面跛脚。
台湾时事评论员黄创夏认为，从洪仲丘案引发的风波，到现在杨念祖上任6天就下台，“后马时代”真正启动。马英九领导全面失控，会让接班竞逐快速浮上水面且迅速加剧。
台湾军事评论员田金丽表示，儿戏般的“国防部长”人事风波，对内重创台军士气，对外则让马英九权威扫地。而这一连串的决策失误，马英九此番能否及时修补？田金丽也并不看好。她分析认为，马英九虽然没有慰留指挥不动台军的杨念祖，而是选择让高广圻暂代，但“暂代”二字同样颇有玄机。田金丽认为，在“国防部长”人选上屡屡决策失误，马英九的根本问题就出在从未认真关切、了解过台军。
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