据台湾方面陆委会网站，1987年台湾当局开放民众到大陆探亲，两岸民间往来日趋密切，台湾“行政院”于1988年8月，以“任务编组”的方式成立“行政院大陆工作会报”，协调当局相关部门处理有关大陆的事务。1990年4月，台湾当局为了强化大陆政策的决策功能及工作推动效率，特别拟定“行政院大陆委员会组织条例（草案）”，经台湾立法机构1991年1月18日通过，同月28日公布施行。至此，台湾陆委会正式成为台湾当局统筹处理大陆事务的专责机构。