“海基会”依章程规定董事会为基金会之决策机构，掌理基金筹募、保管及运用，秘书长任免，工作方针核定，业务计划及预算审议等事宜。董事会设董事长一人、副董事长一至三人。
董事会每三个月召开会议一次，由董事长召集并为主席。目前董事会为第六届，董事长为中国国民党副主席江丙坤，副董事长为高孔廉、许胜发、张俊宏。高孔廉并兼任秘书长。副秘书长为张树棣、林淑闵、庞建国。
历任董事长：
辜振甫（1990年－2005年1月3日）
张俊雄（2005年6月10日－2007年5月）
洪奇昌（2007年7月12日－2008年5月20日）
江丙坤（2008年5月26日－）
