2008年台湾岛内天灾不断，南部大雨、台风侵袭，地震频发，损失惨重，仅台风“海鸥”给台湾农业造成的损失总金额已高达10.1亿元新台币，蔬菜、猪肉、水产等价格飙涨。
台当局行政部门解除前任当局实行了5个月的冻结油价命令，岛内的油价、电价也随之上涨。
受全球金融风暴冲击，台湾股市信心溃散，一路下挫，接连破底，9月4日指数接连跌破10年及20年岛内最低记录。台岛失业率上升，“经济信心指数”、以及对未来的“经济乐观指数”同步创下新低。
马英九当局行政部门积极面对经济不景气，选前，马英九在其经济政策白皮书中就制定了“六三三计划”，包括经济增长率回到6%，4年内失业率降至3%，2016年“国民”所得达到3万美元等。
在“六三三计划”的基础上，马英九更具体地提出了“爱台十二项建设”，十二项建设将锁定台湾北、中、南三个重点区域，包括北边的桃园航空城，中部的台中清泉岗机场与高铁乌日站，以及高雄的自由港。马英九还提及将会调整产业结构，发展新的产业，其中将会发展服务业，以创造更多的工作机会。
马英九当局上台后，推出短期纾困措施，促进企业发展企业、救股市，也力图重建经济体系。
一方面台行政当局追加了财政预算，通过十大振兴经济方案，计划投入1809亿元新台币，并出台各种措施调整物价，因应工厂关闭和失业潮，推动节能运动，马英九等领导人带头消费刺激经济，向岛内民众发放消费券等。
除此之外，马英九的另一项引人关注的措施就是为台商投资大陆松绑。4月22日马英九与八名台湾高科技公司的负责人会谈后宣布，在他5月20日开始执政之后，将解除台湾企业赴大陆投资最多不能超过净资产40%的规定。他说：“未来要做的，包括对外投资净值40%上限的松绑，包括两岸直航，还包括能够引进高科技人才，以及其它有关投资和税务方面的改革。”“营利事业所得税，还有遗赠税，这些税率的调整相关问题，会在我们5月20日就任后，‘财政部’尽快地成立赋税改革委员会，来进行通盘地检讨。”
马英九当局陆续实施两岸投资松绑政策，促进两岸经济合作，以重振台湾经济活力。
