这次在海口召开的海峡两岸南海问题学术研讨会，主题是“南海仲裁案裁决：两岸关系的挑战与合作”。谈到台湾在南海争端中应扮演的角色，吴士存告诉《环球时报》记者：“我多次跟台湾学者讲，马英九执政期间，台湾在南海问题上是个‘乖孩子’。其实没有必要太乖!想在南海问题上让别人带你玩，就要有所作为。过去台湾南海政策一度后退，1999年之前，台“行政院”下边设有南海事务的协调工作机构，海军也有定期巡弋制度，但2013年菲公务船只在南海打死台湾渔民，台湾驱逐舰只开到巴士海峡象征性地示威一下，而没有继续南行。”

　　吴士存说，大陆希望两岸能用同一个声音说话，能共同维护南海“祖产”。但是蔡英文上台以来，台湾南海政策试图逐步与大陆相“切割”。这样到最后台湾就会在南海问题上自我孤立，甚至会被彻底边缘化。吴士存7月在台北参加关于仲裁的一个研讨会时，一位民进党智库的学者很坦白地告诉他，民进党里面没有真正懂南海问题的专家，所以他们也担心会造成误判，从而影响蔡英文的决策。