台当局“蒙藏委员会”是“秋海棠版中华民国”思维下的产物，民进党主席蔡英文当选台湾地区领导人后，给人的感觉废除“蒙藏会”似乎势在必行。然而，去年“5·20”后，两岸官方的沟通管道不再畅通，也让蔡英文当局不得不重新思考调整“蒙藏会”将引发的政治效应。

　　据台湾联合新闻网3月22日报道，蔡英文当局去年一上台，为实践选前承诺，秣马厉兵进行各项改革。10个月下来，较大改革如“一例一休”、“年金改革”仍在争议对抗中;较小的改革，比如第一阶段“组改”，将“蒙藏委员会”并入陆委会，最近出现却出现“发夹弯”，“裹足不前”。

　　2016年10月24日，台当局“人事长”施能杰在“立法院”宣布分阶段组改，希望能赶在今年“5·20”前夕，3月底前将共识性较高的组织，如“蒙藏会”、化学局(环境保护署毒物及化学物质局)等，纳入第一阶段组改。

　　如今因为两岸关系未明，“蒙藏会”官员正“打包”静候处理。对此，有官员表示，施能杰认知的“共识性较高”，可能仅单纯的就组织变革做难易的衡量，但未能敏感察觉“蒙藏会”存在的象征意义与政治性，否则组改早已完成，何必麻烦施能杰再做宣示？

　　而对于本机构存在引起的争议，“蒙藏会”官员表示，这些年来外界常听到裁撤“蒙藏会”，我们是听得太多了。从称呼“前蒙藏会委员长”高思博是“末代委员长”，一直到罗莹雪、蔡玉玲、林美珠，都经过几任了，谁还在乎谁是“末代委员长”。还记得之前林美珠才接“委员长”，现在又杀出一个许璋瑶。许璋瑶正职是“政务委员”，他身兼“台湾省主席”、“蒙藏委员长”，在接任委员长时，她曾开玩笑表示：“我现在才真是管很大呢!”